其實，醫院管理內部的組織設計主要是研究如何合理設計醫院內部組織架構、確定組織內部各部門之間關系與合作模式。其本質的要求是精簡、統一和高效，一般要遵循這幾大原則：

1、拔高原則，在為醫院進行組織結構的重新設計時，必須遵循拔高原則，即整體設計應緊扣企業的發展戰略，充分考慮醫院未來所要從事的行業、規模、技術以及人力資源配置等，為醫院提供一個幾年內相對穩定且實用的平臺。

2、優化原則，任何組織都存在于一定的環境之中，組織的外部環境必然會對內部的結構形式產生一定程度的影響，因此醫院組織結構的重新設計要充分考慮內外部環境，使醫院組織結構適應外部環境，謀求醫院內外部資源的優化配置。

3、均衡原則，醫院管理組織結構的重新設計應力求均衡，不能因為醫院現階段沒有要求而合并部門和職能，在醫院運行一段時間后又要重新進行設計，牢記一句話：職能不能沒有，崗位可以合并。

4、重點原則，隨著醫院的發展，會因環境的變化而使組織中各項工作完成的難易程度以及對組織目標實現的影響程度發生變化，醫院的工作中心和職能部門的重要性亦隨之變化，因此在進行醫院組織結構設計時，要突出醫院現階段的重點工作和重點部門。

5、人本原則，設計醫院組織結構前要綜合考慮企業現有的人力資源狀況以及醫院未來幾年對人力資源素質、數量等方面的需求，以人為本進行設計。

6、適應原則，醫院組織結構的重新設計要適應企業的執行能力和一些良好的習慣，使醫院和醫院員工在執行起來容易上手，不能脫離醫院實際進行設計，導致醫院為適應新的組織結構而嚴重影響正常工作的開展。